Oral preparations of amphotericin B are used to treat thrush; these are virtually nontoxic, in contrast to typical intravenous therapy (IV) doses.

One of the main intravenous uses is in treating various systemic fungal infections (e.g., in critically ill, comorbidly infected or immunocompromised patients), including cryptococcal meningitis.

Amphotericin B is also commonly used in tissue culture to prevent fungi from contaminating cell cultures. It is usually sold in a concentrated solution, either on its own or in combination with the antibiotics penicillin and streptomycin.

Another IV use is as a drug of last resort in otherwise-untreatable parasitic protozoan infections such as visceral leishmaniasis and primary amoebic meningoencephalitis.